Принципиальная схема процесса «Мерокс» может быть следующей. Сырье первоначально защелачивается (щелочная очистка) в щелочной колонне для удаления сероводорода и органических кислот, а также для защиты от их вредного воздействия катализатора основного процесса. После этого сырье в смеси со щелочью смешивается с каталитическим раствором «Мерокс» и поступает в экстрактор, в котором раствор «Мерокс» поглощает меркаптаны. С низа экстрактора раствор «Мерокс» с поглощенными меркаптанами поступает в реактор окисления, где воздухом меркаптаны окисляются до дисульфидов, которые остаются растворенными в сырьевой фракции и являются неагрессивными и безвредными. В сепараторе после реактора воздух отделяется от смеси раствора «Мерокс» и дисульфидов, которая в отстойнике разделяется на дисульфиды (верх) и восстановленный раствор «Мерокс» (низ аппарата), возвращаемый вновь в экстрактор. Смесь очищенного сырья с примесями щелочи, дисульфидов и раствора «Мерокс» с верха экстрактора поступает в отстойник, из которого щелочь возвращается в щелочную колонну, а единожды уже очищенное сырье (первая ступень очистки) вновь смешивается со свежим раствором «Мерокс» и поступает во второй реактор окисления (вторая ступень очистки). Далее поток проходит сепаратор и отстойник, из которого очищенное сырье направляется на водную промывку и обезвоживание (осушку).
Две ступени очистки применяют чаще для керосиновых и дизельных фракций, а для сжиженных газов, растворителей, бензиновых фракций обычно используют одну ступень демеркаптанизации, так как в этих фракциях высших меркаптанов меньше. Самая распространенная в настоящее время схема процесса очистки «Мерокс» бензина и газового конденсата представлена технологией «Minalk» на неподвижном катализаторе «Мерокс», в слой которого подаются небольшие количества щелочи. Мощность более 1600 установок «Мерокс» фирмы «UOP» в мире изменяется в пределах 6,4 - 22 260 м3/ сут (данные 2006 г.).