Плодовые деревья растут и плодоносят от 15 до 30 лет, а иногда и более. Урожайность деревьев во многом зависит от условий, которые создали плодоводы для их роста и развития.
Плодовое дерево состоит из надземной части и корневой системы. Место перехода корневой системы к надземной части образует корневую шейку. Обычно плодовые деревья привиты (см. Прививка в растениеводстве) и не переносят заглубленной посадки: если корневая шейка саженца находится на 10—15 см ниже поверхности почвы, то деревце плохо развивается или погибает. Для растений, полученных из черенков, отводков, корневых отпрысков, некоторое заглубление при посадке не опасно.
Стебель плодовых деревьев ветвистый. Наиболее развитая основная его часть образует ствол, а совокупность всех разветвлений — крону. Нижнюю часть ствола от корневой шейки до первого нижнего разветвления надземной части называют штамбом, продолжающую штамб часть ствола до границы последнего годичного прироста — центральным проводником, а последний годичный прирост — ветвью продолжения.
Рост, плодоношение и зимостойкость кроны во многом зависят от биологических особенностей штамба.
Степень ветвления стебля достигает обычно 6—8 порядков. Ветви, отходящие от ствола, называют ветвями первого порядка ветвления, боковые ответвления на них — ветвями второго порядка и т.д. В зависимости от интенсивности роста молодых деревьев и от мощности развития взрослых деревьев различают 3 группы ветвей: скелетные, полускелетные и обрастающие.
Скелетные и полускелетные ветви создают основной остов кроны. Они выдерживают большие нагрузки, возникающие от тяжести плодов, обрастающих ветвей и листьев. Обрастающие ветви называют плодоносными или генеративными ветвями. В зависимости от расположения в кроне дерева и возраста боковые ответвления называют сучьями, ветвями, ветками, веточками, побегами. Сучья — самые нижние, наиболее сильно развитые скелетные разветвления. Ветви и ветки составляют полускелетные, веточки — обрастающие (плодоносные) ветви. Побег — облиственный стеблевой прирост текущего вегетационного периода.
В зависимости от размещения сучьев на центральном проводнике формируют кроны ярусные, безъярусные, разреженно-ярусные и др. Скелетные и обрастающие ветви имеют ежегодный прирост разной длины. Самые длинные— скелетные (ростовые побеги), короткие — обрастающие побеги (плодовые прутики, копьеца, кольчатки, плодушки — у семечковых, шпорцы и букетные веточки — у косточковых). На обрастающих побегах закладываются цветочные почки. Деревья, преимущественно плодоносящие на кольчатках, плодушках и копьецах, как правило, скороплодные.
Корневая система имеет большое значение в жизни растений (см. Органы растений).
В зависимости от происхождения различают корни семенного происхождения (у растений, выращенных из семян или привитых на сеянцы) и вегетативные (у растений, привитых на вегетативно размноженные подвои, полученные из черенков, отводков, поросли). По размерам различают скелетные, полускелетные (толстые — до нескольких сантиметров и длинные — от 30 см и до нескольких метров) и обрастающие, мочковатые (тонкие — до 3 мм и короткие — от долей миллиметра до нескольких сантиметров). По расположению в почве корни бывают вертикальные и горизонтальные, по выполняемым функциям — ростовые, сосущие, переходные и проводящие.
Ростовые и сосущие корни покрыты корневыми волосками, которых на 1 мм2 до 240—400 штук, например у однолетнего сеянца сорта яблони Анис полосатый к концу октября насчитывают до 17 млн. корневых волосков. Суммарная длина их — около 3 км при длине корней сеянца около 200 м, общая поглощающая поверхность — более 400 м2. Ростовые и сосущие корни образуют активную группу корней. Она самая многочисленная, составляет до 95% всего количества корней дерева. Одревесневшие переходные и проводящие корни проводят воду и растворенные в ней минеральные вещества и закрепляют растение в почве.